ADAU-nun magistr hazırlığı mərkəzi 2009-cu ildən fəaliyyət göstərir. Mərkəz müvafiq ixtisaslaşmalar üzrə magistr hazırlığının həyata keçirilməsini təmin edir. Bu səviyyədə bakalavr təhsili bazasından ayrı-ayrı ixtisaslaşmalar üzrə müvafiq təhsil proqramları əsasında mütəxəssislər hazırlanır. Magistratura səviyyəsində təhsil alan tələbələrin sayı 407 nəfərdir.

Menecment (alman proqramı)
Almaniyanın Akkreditasiya,Sertifikasiya və Keyfiyyətin Təminatı İnstitutunun 20 dekabr 2019-cu il tarixli Qərarı ilə magistr hazırlığı üzrə menecment (alman proqramı) ixtisaslaşmasının tədris proqramı beynəlxalq akkreditasiyadan keçmişdir.